O Departamento Econômico, Financeiro e Contábil presta serviços nas áreas orçamentária, financeira e contábil do HCFMB, além de gerenciar e controlar os recursos próprios e os provenientes de convênios.

Em relação ao orçamento, o Departamento é responsável pela preparação dos processos e elaboração da proposta orçamentária, com base nos subsídios fornecidos pelas unidades do HCFMB, além de avaliar custos de programas e projetos e realizar o controle e execução do orçamento. São realizados também os levantamentos auditoriais, sistemáticos ou eventuais nas diversas áreas administrativas e prepara a programação financeira e apuração de custos da Instituição.

Na área financeira, há a realização da execução financeira, a classificação da receita e a programação dos pagamentos, além da elaboração de boletim de arrecadação e relatórios do movimento financeiro. Outra função importante é a manutenção sob sua guarda de valores encontrados com pacientes internados em caráter de urgência e os registros necessários à demonstração das disponibilidades e dos recursos financeiros utilizados.

Quanto à Contabilidade, o Departamento é responsável pelo registro dos bens, dos direitos e das obrigações contábeis do HCFMB, além do exame, da classificação e do registro de documentos. Também é realizada a prestação de informações ao Tribunal de Contas do Estado e demais órgãos que delas necessitarem, além da organização e atualização dos bancos de dados que permitam o armazenamento e análise sistemática da gestão econômica financeira.

Em relação ao controle de recursos e à gestão de contratos, o Departamento objetiva à organização e atualização de cadastro de fornecedores de materiais e serviços, ao gerenciamento dos contratos comerciais realizados pelo HCFMB e à estimativa da despesa e fornecimento de dados para emissão dos empenhos relativos a contratos de fornecimento ou de prestação de serviços. Além disso, são realizados o exame e o informe sobre o inadimplemento de cláusulas contratuais, o acompanhamento dos vencimentos, a execução das negociações e das prorrogações dos contratos.